Un répertoire sert à la mise en correspondance entre des noms de fichiers et des numéros d’inodes. Dès sa création avec la commande mkdir, tout répertoire contient deux entrées qui sont notées « . » (point) pour le répertoire lui-même (autoréférence) et « .. » (point point) pour le répertoire de rattachement (parent) dans l’arborescence. Pour supprimer un répertoire avec la commande rmdir, il faut que celui-ci soit vide, c.-à-d. ne contienne que les deux éléments de départ (« . » et « .. »). Pour la racine (« / »), les deux éléments « . » et « .. » sont confondus.

Pour des raisons de performance, il est préférable d’organiser les informations selon un mode arborescent plutôt que d’avoir d’importantes listes de fichiers sous un même répertoire. D’ailleurs, le système de fichiers Unix a introduit une hiérarchie et une terminologie de répertoires standards, chacun regroupant des éléments de même nature. Ainsi, les exécutables sont regroupés sous bin (binary), les bibliothèques sous lib (library), les périphériques sous dev (device), la documentation sous man (manual), les sources sous src, les fichiers et programmes d’administration sous etc, les fichiers temporaires sous tmp, les éléments spécifiques au site local sous local, les fichiers système sous sys...

Dans la suite, afin d’alléger les dessins, les contenus des répertoires sont représentés hors des zones des blocs de données. Bien évidemment, les contenus des répertoires sont toujours des blocs de données.  
 
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