La suppression d’un élément de l’arborescence, avec la commande rm (remove), est en fait la mise à zéro du numéro d’inode, c.-à-d. la suppression d’un lien, la décrémentation du nombre de liens et dans le cas où ce lien est le dernier, la libération des blocs de données et de l’inode. Par conséquent, un fichier ordinaire existe tant qu’il subsiste au moins un lien physique sur celui-ci, qu’il s’agisse de l’entrée initiale ou d’un lien établi ensuite.

Dans l’arborescence, l’opération de suppression d’un lien physique fait disparaître des entrées. Dans notre exemple, comme indiqué dans la figure suivante, les deux entrées sont supprimées, libérant ainsi l’inode qui n’est plus référencé et les blocs de données.

Figures/fichier_arbo_rm

La commande rm possède l’option i (rm i) très utile pour des utilisateurs débutants: elle permet d’éviter des suppressions effectuées par erreur, de frappe par exemple. Cette option oblige l’utilisateur à confirmer la suppression, permettant ainsi à l’utilisateur de renoncer à la suppression s’il le souhaite.  
 
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